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GeT-Biopuces

Plateforme TBI de génomique et transcriptomique.
Séquençage et microarrays.

Expertise

Certifiée ISO-9001 et NFX50-900

Pour le secteur public et privé

Du contrôle qualité à l'analyse de données de vos échantillons

+ de 15 ans d'expérience en prestation de service

Innovation

Ambassadeur Microbiologie au sein de la plateforme régionale GeT

Mise au point de puces diagnostic et de puces à façon

Hébergement de projets


Développement

Collaborations

Accord de confidentialité

Transfert de compétences
(formation continue ou personnalisée)


Contactez nous

Qui sommes-nous ?

Créée en 1999 et actuellement dirigée par Marie Ange Teste, la Plateforme GeT-Biopuces (manuel qualité) est l'une des premières plateformes de la Génopôle Toulouse Midi Pyrénées .

Labellisée IBISA et certifiée ISO 9001 depuis 2010, la plateforme a une activité de prestation de services et/ou collaboration (R&D) dans le domaine de la transcriptomique et de la génomique. Elle met à disposition son expertise et possède les outils adéquats pour le séquençage, l’étude sur microarrays et l’analyse des données bioinformatiques et statistiques. Grâce au savoir-faire de son équipe pluridisciplinaire, vous êtes accompagnés tout au long de la réalisation de vos projets depuis leur conception jusqu'à la mise à disposition des données brutes ou traitées. De nombreux partenaires académiques (INRA, CNRS, INSERM, IFREMER...) et privés nous ont fait confiance pour collaborer sur des projets de recherche fondamentale ou appliquée dans des domaines variés tels que la microbiologie, les biotechnologies, l'agroalimentaire, la santé et l'environnement. Les questions de propriété intellectuelle et les accords de confidentialité peuvent être discutés avec le service juridique de l'INSA.

La plateforme de service GeT-Biopuces s’est associée à trois autres sites, regroupement ayant donné naissance à la plateforme Génome et Transcriptome de GenoToul, dont l’acronyme est GeT. Ainsi nous vous apportons l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Les technologies proposées sont les puces à ADN, les technologies de séquençage haut débit petits et longs fragments, la ddPCR et le single-cell.

Services

Pourquoi travailler avec nous ?

La plateforme vous propose les prestations suivantes:

Card image cap
Contrôle qualité

Bioanalyzer, Nanodrop, QuBit

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Card image cap
Microarrays

Affymetrix, Agilent et à façon

en savoir plus

Card image cap
Séquençage

Ribodéplétion, Synthèse des librairies, EmPCR et séquençage

en savoir plus

Card image cap
Analyses de données

Statistiques des microarrays et du séquençage

Traitements bio-informatiques

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Pour tout renseignement sur l’une ou l’autre de nos activités, n’hésitez pas à nous contacter.

Pour en savoir plus sur notre façon de fonctionner, nous mettons à votre disposition nos recommandations (pdf).

Publications

2019

Marsaud N. Séquençage à haut débit - Outils et enjeux pour la santé humaine. Techniques de l’Ingénieur. 2019;:24. https://www.techniques-ingenieur.fr/base-documentaire/biomedical-pharma-th15/nanotechnologies-et-biotechnologies-pour-la-sante-42608210/sequencage-a-haut-debit-bio8205/.

2018

Debaugny RE, Sanchez A, Rech J, Labourdette D, Dorignac J, Geniet F, Palmeri J, Parmeggiani A, Boudsocq F, Anton Leberre V, Walter J, Bouet J. A conserved mechanism drives partition complex assembly on bacterial chromosomes and plasmids. Mol Syst Biol. 2018;14. doi:10.15252/msb.20188516.
Serif M, Dubois G, Finoux A-L, Teste M-A, Jallet D, Daboussi F. One-step generation of multiple gene knock-outs in the diatom Phaeodactylum tricornutum by DNA-free genome editing. Nature Communications. 2018;9:3924. doi:10.1038/s41467-018-06378-9.
Lamarre S, Frasse P, Zouine M, Labourdette D, Sainderichin E, Hu G, Le Berre-Anton V, Bouzayen M, Maza E. Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size. Front Plant Sci. 2018;9. doi:10.3389/fpls.2018.00108.
Illikoud N, Klopp C, Roulet A, Bouchez O, Marsaud N, Jaffrès E, Zagorec M. One complete and three draft genome sequences of four Brochothrix thermosphacta strains, CD 337, TAP 175, BSAS1 3 and EBP 3070. Standards in Genomic Sciences. 2018;13:22. doi:10.1186/s40793-018-0333-z.
Hoareau-Aveilla C, Quelen C, Congras A, Caillet N, Labourdette D, Dozier C, Brousset P, Lamant L, Meggetto F. MiR-497 suppresses cycle progression through an axis involving CDK6 in ALK-positive cells. Haematologica. 2018;:haematol.2018.195131. doi:10.3324/haematol.2018.195131.
Giraud S, Steichen C, Allain G, Couturier P, Labourdette D, Lamarre S, Ameteau V, Tillet S, Hannaert P, Thuillier R, Hauet T. Dynamic transcriptomic analysis of Ischemic Injury in a Porcine Pre-Clinical Model mimicking Donors Deceased after Circulatory Death. Sci Rep. 2018;8. doi:10.1038/s41598-018-24282-6.

2017

Letaief R, Rebours E, Grohs C, Meersseman C, Fritz S, Trouilh L, Esquerré D, Barbieri J, Klopp C, Philippe R, Blanquet V, Boichard D, Rocha D, Boussaha M. Identification of copy number variation in French dairy and beef breeds using next-generation sequencing. Genetics Selection Evolution. 2017;49:77. doi:10.1186/s12711-017-0352-z.

2016

Naldaiz-Gastesi N, Goicoechea M, Alonso-Martin S, Aiastui A, Lopez-Mayorga M, Garcia-Belda P, Lacalle J, Jose CS, Arauzo-Bravo MJ, Trouilh L, Anton-Leberre V, Herrero D, Matheu A, Bernad A, Garcia-Verdugo JM, Carvajal JJ, Relaix F, Lopez De Munain A, Garcia-Parra P, Izeta A. Identification and characterization of the dermal Panniculus carnosus muscle stem cells. Stem Cell Reports. 2016;7:411–24. doi:10.1016/j.stemcr.2016.08.002.
Chassaing N, Davis EE, McKnight KL, Niederriter AR, Causse A, David V, Desmaison A, LAMARRE S, Vincent-Delorme C, Pasquier L, Coubes C, Lacombe D, Rossi M, Dufier J-L, Dollfus H, Kaplan J, Katsanis N, Etchevers HC, Faguer S, Calvas P. Targeted resequencing identifies PTCH1 as a major contributor to ocular developmental anomalies and extends the SOX2 regulatory network. Genome Research. 2016;26:474–85. doi:10.1101/gr.196048.115.
Barasc H, CONGRAS A, Mary N, Trouilh L, MARQUET V, Ferchaud S, Raymond-Letron I, Calgaro A, Loustau A-M, MOUNEY N, ACLOQUE H, Ducos A, Pinton A. Meiotic pairing and gene expression disturbance in germ cells from an infertile boar with a balanced reciprocal autosome-autosome translocation. Chromosome Research. 2016;24:511–27. doi:10.1007/s10577-016-9533-9.
Abot A, Arnal G, Auer L, Lazuka A, Labourdette D, Lamarre S, Trouilh L, Laville E, Lombard V, Potocki-Veronese G, Henrissat B, O’Donohue M, Hernandez-Raquet G, Dumon C, Leberre VA. CAZyChip: dynamic assessment of exploration of glycoside hydrolases in microbial ecosystems. BMC Genomics. 2016;17:1–12. doi:10.1186/s12864-016-2988-4.

Réservations

Au sein du TBI

Ne sont ouvertes à la réservation directe que quelques machines.

Découvrez l'étendue des services offerts.

Toutes nécessitent une formation préalable.

Accès au service en ligne

Au sein de GeT

Accès qPCR Biomark, ddPCR, séquenceurs Illumina ainsi qu'à beaucoup d'autres technologies et compétences associées...

Nous vous répondrons à get@genotoul.fr

Contact

Une équipe pluridisciplinaire répondra à vos demandes.

  • photo ID
    Marie Ange Teste Responsable scientifique et administratif
    Biologiste
  • photo ID
    Lidwine Trouilh Réalisation Services Séquençage et Biopuces (Agilent - Affymetrix - à façon). Responsable qualité
    Biologiste
  • photo ID
    Nathalie Marsaud Réalisation Services Séquençage et Biopuces Affymetrix
    Biologiste
  • photo ID
    Delphine Labourdette Analyses bioinformatiques et statistiques des données NGS et microarrays. Design de microarrays à façon
    Bioinformaticienne
  • photo ID
    Matthieu Guionnet Développeur - AdminSys
    Informaticien

Plateforme GeT-Biopuces
TBI - INSA - Bât 39
135, avenue de Rangueil
31077 Toulouse Cedex 4 - France

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