GeT-Biopuces

Plateforme TBI de génomique et transcriptomique.
Séquençage et microarrays.

Expertise

Certifiée ISO-9001 et NFX50-900

Pour le secteur public et privé

Du contrôle qualité à l'analyse de données de vos échantillons

+ de 15 ans d'expérience en prestation de service

Innovation

Ambassadeur Microbiologie au sein de la plateforme régionale GeT

Mise au point de puces diagnostic et de puces à façon

Hébergement de projets

Développement

Collaborations

Accord de confidentialité

Transfert de compétences
(formation continue ou personnalisée)

Contactez nous

Qui sommes-nous ?

Créée en 1999 et actuellement dirigée par Marie Ange Teste, la Plateforme GeT-Biopuces (manuel qualité) est l'une des premières plateformes de la Génopôle Toulouse Midi Pyrénées .

Labellisée IBISA et certifiée ISO 9001 depuis 2010, la plateforme a une activité de prestation de services et/ou collaboration (R&D) dans le domaine de la transcriptomique et de la génomique. Elle met à disposition son expertise et possède les outils adéquats pour le séquençage, l’étude sur microarrays et l’analyse des données bioinformatiques et statistiques. Grâce au savoir-faire de son équipe pluridisciplinaire, vous êtes accompagnés tout au long de la réalisation de vos projets depuis leur conception jusqu'à la mise à disposition des données brutes ou traitées. De nombreux partenaires académiques (INRA, CNRS, INSERM, IFREMER...) et privés nous ont fait confiance pour collaborer sur des projets de recherche fondamentale ou appliquée dans des domaines variés tels que la microbiologie, les biotechnologies, l'agroalimentaire, la santé et l'environnement. Les questions de propriété intellectuelle et les accords de confidentialité peuvent être discutés avec le service juridique de l'INSA.

La plateforme de service GeT-Biopuces s’est associée à trois autres sites, regroupement ayant donné naissance à la plateforme Génome et Transcriptome de GenoToul, dont l’acronyme est GeT. Ainsi nous vous apportons l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Les technologies proposées sont les puces à ADN, les technologies de séquençage haut débit petits et longs fragments, la ddPCR et le single-cell.

Services

Pourquoi travailler avec nous ?

Nous nous engageons à répondre rapidement à vos demandes et à réaliser vos expériences dans le respect des délais.
Toutes nos prestations peuvent être réalisées de façon indépendante et vous êtes informés en temps réel de l’évolution de votre projet.
Nos équipements sont suivis, contrôlés et calibrés régulièrement.
Les résultats sont mis à disposition sur le site web de la plateforme par le biais d’un lien sécurisé.

La plateforme vous propose les prestations suivantes:

Contrôle qualité

Bioanalyzer, Nanodrop, QuBit

Microarrays

Affymetrix, Agilent et à façon

Séquençage

Ribodéplétion, Synthèse des librairies, EmPCR et séquençage

Analyses de données

Statistiques des microarrays et du séquençage

Traitements bio-informatiques

Pour tout renseignement sur l’une ou l’autre de nos activités, n’hésitez pas à nous contacter.

Pour en savoir plus sur notre façon de fonctionner, nous mettons à votre disposition nos recommandations (pdf).

Publications

2019

Pizzolato G, Kaminski H, Tosolini M, Franchini D-M, Pont F, Martins F, Valle C, Labourdette D, Cadot S, Quillet-Mary A, Poupot M, Laurent C, Ysebaert L, Meraviglia S, Dieli F, Merville P, Milpied P, Déchanet-Merville J, Fournié J-J. Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes. PNAS. 2019;116:11906–15. doi:10.1073/pnas.1818488116.

Marsaud N. Séquençage à haut débit - Outils et enjeux pour la santé humaine. Techniques de l’Ingénieur. 2019;:24. https://www.techniques-ingenieur.fr/base-documentaire/biomedical-pharma-th15/nanotechnologies-et-biotechnologies-pour-la-sante-42608210/sequencage-a-haut-debit-bio8205/.

2018

Debaugny RE, Sanchez A, Rech J, Labourdette D, Dorignac J, Geniet F, Palmeri J, Parmeggiani A, Boudsocq F, Anton Leberre V, Walter J, Bouet J. A conserved mechanism drives partition complex assembly on bacterial chromosomes and plasmids. Mol Syst Biol. 2018;14. doi:10.15252/msb.20188516.

Serif M, Dubois G, Finoux A-L, Teste M-A, Jallet D, Daboussi F. One-step generation of multiple gene knock-outs in the diatom Phaeodactylum tricornutum by DNA-free genome editing. Nature Communications. 2018;9:3924. doi:10.1038/s41467-018-06378-9.

Lamarre S, Frasse P, Zouine M, Labourdette D, Sainderichin E, Hu G, Le Berre-Anton V, Bouzayen M, Maza E. Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size. Front Plant Sci. 2018;9. doi:10.3389/fpls.2018.00108.

Illikoud N, Klopp C, Roulet A, Bouchez O, Marsaud N, Jaffrès E, Zagorec M. One complete and three draft genome sequences of four Brochothrix thermosphacta strains, CD 337, TAP 175, BSAS1 3 and EBP 3070. Standards in Genomic Sciences. 2018;13:22. doi:10.1186/s40793-018-0333-z.

Hoareau-Aveilla C, Quelen C, Congras A, Caillet N, Labourdette D, Dozier C, Brousset P, Lamant L, Meggetto F. MiR-497 suppresses cycle progression through an axis involving CDK6 in ALK-positive cells. Haematologica. 2018;:haematol.2018.195131. doi:10.3324/haematol.2018.195131.

Giraud S, Steichen C, Allain G, Couturier P, Labourdette D, Lamarre S, Ameteau V, Tillet S, Hannaert P, Thuillier R, Hauet T. Dynamic transcriptomic analysis of Ischemic Injury in a Porcine Pre-Clinical Model mimicking Donors Deceased after Circulatory Death. Sci Rep. 2018;8. doi:10.1038/s41598-018-24282-6.

2017

Letaief R, Rebours E, Grohs C, Meersseman C, Fritz S, Trouilh L, Esquerré D, Barbieri J, Klopp C, Philippe R, Blanquet V, Boichard D, Rocha D, Boussaha M. Identification of copy number variation in French dairy and beef breeds using next-generation sequencing. Genetics Selection Evolution. 2017;49:77. doi:10.1186/s12711-017-0352-z.

2016

Naldaiz-Gastesi N, Goicoechea M, Alonso-Martin S, Aiastui A, Lopez-Mayorga M, Garcia-Belda P, Lacalle J, Jose CS, Arauzo-Bravo MJ, Trouilh L, Anton-Leberre V, Herrero D, Matheu A, Bernad A, Garcia-Verdugo JM, Carvajal JJ, Relaix F, Lopez De Munain A, Garcia-Parra P, Izeta A. Identification and characterization of the dermal Panniculus carnosus muscle stem cells. Stem Cell Reports. 2016;7:411–24. doi:10.1016/j.stemcr.2016.08.002.

Chassaing N, Davis EE, McKnight KL, Niederriter AR, Causse A, David V, Desmaison A, LAMARRE S, Vincent-Delorme C, Pasquier L, Coubes C, Lacombe D, Rossi M, Dufier J-L, Dollfus H, Kaplan J, Katsanis N, Etchevers HC, Faguer S, Calvas P. Targeted resequencing identifies PTCH1 as a major contributor to ocular developmental anomalies and extends the SOX2 regulatory network. Genome Research. 2016;26:474–85. doi:10.1101/gr.196048.115.

Barasc H, CONGRAS A, Mary N, Trouilh L, MARQUET V, Ferchaud S, Raymond-Letron I, Calgaro A, Loustau A-M, MOUNEY N, ACLOQUE H, Ducos A, Pinton A. Meiotic pairing and gene expression disturbance in germ cells from an infertile boar with a balanced reciprocal autosome-autosome translocation. Chromosome Research. 2016;24:511–27. doi:10.1007/s10577-016-9533-9.

Abot A, Arnal G, Auer L, Lazuka A, Labourdette D, Lamarre S, Trouilh L, Laville E, Lombard V, Potocki-Veronese G, Henrissat B, O’Donohue M, Hernandez-Raquet G, Dumon C, Leberre VA. CAZyChip: dynamic assessment of exploration of glycoside hydrolases in microbial ecosystems. BMC Genomics. 2016;17:1–12. doi:10.1186/s12864-016-2988-4.